नेपाल सरकारका जिल्ला स्थित कार्यालयहरुलाई रकम निकासा दिने, आन्तरिक लेखा परीक्षण गर्ने, विनियोजन, राजश्व तथा धरौटीको एकीकृत विवरण तयार गरी महालेखा नियन्त्रक कार्यालयमा पेश गर्ने उद्धेश्यले वि.सं. २०३८ साल कार्तिक १ गतेदेखि कोष तथा लेखा नियन्त्रक कार्यालयको रुपमा स्थापना भएको हो ।

जिल्लामा कोष तथा लेखा नियन्त्रक कार्यालय स्थापना हुनु पूर्व मालपोत कार्यालयबाट निकासा दिने काम हुने गरेको थियो । तत्पश्चात केन्द्रीय निकायबाट ड्राफ्ट मार्फत रकम उपलब्ध गराउने व्यवस्था थियो । बि.सं. 2038 सालपछि जिल्लास्तरमा कोष तथा लेखा नियन्त्रक कार्यालयहरु स्थापना गरी चौमासिक निकास र आ.व. 2051/52 देखि मासिक सोधभर्ना निकासा दिने प्रणालीको विकास भयो ।

सूचना प्रविधिमा भएको विकासलाई आत्मसाथ गर्दै सार्वजनिक वित्तीय व्यवस्थापनलाई सुदृढ गर्ने सन्दर्भमा आ.व. 2068/69 देखि इन्टरनेट प्रणालीमा आधारित एकल खाता कोष प्रणाली लागु गरी भुक्तानी कार्यालयहरुको माग अनुसार खर्च जनाई चेक जारी गरी रकम उपलब्ध गराउने, धरौटी हिसाव एकल खातामा जम्मा गर्ने र खर्च जनाई चेक जारी गरी रकम उपलब्ध गराउने, धरौटी हिसाव एकल खातामा जम्मा गर्ने र खर्च लेख्ने तथा राजश्व हिसावलाई समेत एकल खातामा जम्मा गर्ने व्यवस्था भएको छ ।

नेपाल सरकारको वित्तीय एवम् खर्च व्यवस्थापन र नगद व्यवस्थापनको कार्यलाई सरल, मितव्ययी, पारदर्शी र प्रभावकारी तुल्याई वित्तीय जोखिम न्यून गर्दै नेपाल सरकारको कोष प्रणालीलाई अन्तराष्ट्रिय स्तरको तुल्याउन नेपाल सरकार मन्त्रिपरिषदको मिति: 2065/10/15 को निर्णयअनुसार आर्थिक वर्ष 2065/66 बाट सुरु भई आर्थिक वर्ष 2070/71 बाट देखि विनियोजन, धरौटी र राजश्व तर्फको कारोबार एकल खाता कोष प्रणाली अन्तर्गत पूर्ण रुपमा सञ्चालन भएको ।
आर्थिक वर्ष 2072/73 देखि ख-6 समूहको खाताहरुको कारोबारलाई पनि यस प्रणालीमा पूर्ण रुपमा समावेश गरिएको छ । वि.सं. 2072 असोज 3 गते संविधान जारी सँगै नेपालको सङ्घीय संरचना सङ्घ, प्रदेश र स्थानीय गरी तीन तहमा विभाजित भए सँगै स्थानीय तहको खाता प्रमाणीकरण गर्ने तथा प्रदान गरिने वित्तीय समानीकरण, सशर्त, समपुरक र विशेष अनुदानको रकम हस्तान्तरण यसै कार्यालयबाट हुने अधिकार स्थानीय सरकार संचालन ऐन, 2074 ले प्रदान गरेको छ । स्थानीय तहको वित्तीय प्रतिवेदन संकलन गर्न समन्वय तथा सहयोग गर्ने जिम्मेवारी पनि यसै कार्यालयमा रहेको छ । त्यस्तै प्रदेश सरकार अन्तर्गत छुट्टै प्रदेश लेखा इकाई कार्यालय रहेको हुँदा यस कार्यालयबाट प्रदेशस्तरका कुनै पनि निकासा भुक्तानी हुने गरेको छैन ।